У оквиру Завода за машинско инжењерство раде следећи научно-истраживачки центри:
- Центар за моторе и моторна возила
- Центар за заваривање и заварене конструкције
- Центар за логистику
- Центар за развој и пројектовање машина
- Центар за примењену математику
- Центар за нелинеарну динамику и активне конструкције